Trois Collèges ont été institués au sein du Conseil d'administration, après l'Assemblée générale extraordinaire d'avril 2018, de façon à bien organiser les réflexions et les activités de l'association sur les trois grandes missions stratégiques. Un Vice-Président est élu pour chacun des Collèges. Des documents d'orientation définissent les missions et les grandes lignes d'action des Collèges. Ils ont vocation à définir le cap sur la longue période et sont donc valables jusqu’à éventuelle décision ultérieure de les remettre en cause. Ils doivent aussi permettre de bien situer les actions concrètes à mener, soit dans la longue durée, soit ponctuellement. Ils sont complétés par des documents plus programmatiques, détaillant les activités, fixant les priorités, indiquant les implications des administrateurs et autres membres concernés. Ils ne mentionnent pas les lignes d’action plus transversales à développer indépendamment des Collèges : gestion de l’association (membres, finances…), communication de l’association (site Web, lettres…), politique de publication et démarches éditoriales, gestion et animation de la Maison d’ArchéoJuraSites, relations générales avec les élus locaux et la presse, etc.
Les trois textes spécifiques sont présentés ci-après, dans un ordre suggérant une continuité temporelle permettant de passer du protohistorique à l’antiquité et au médiéval.